Alcalá de Henares forma parte de la Red de Calidad del Aire de la Comunidad de Madrid, disponiendo de una de las estaciones de control de la contaminación y datos meteorológicos. Además, la ciudad cuenta con un Mapa Estratégico de Ruido en el que se evalúan las principales fuentes de ruido dejando fuera aquellas de gestión supramunicipal como vías férreas o carreteras.